بررسی تمايل مجاورت اسيدهای آمينه با يکديگر در مارپيچهای آلفا

مينوچهر, زرین and گليايی, بهرام (2003) بررسی تمايل مجاورت اسيدهای آمينه با يکديگر در مارپيچهای آلفا. مجله علوم پزشکی رازی, 10 (35). pp. 469-475. ISSN 2228-7051

[img]
Preview
Text
RJMS-v10n35p469-fa.pdf

Download (197kB) | Preview
Official URL: http://rjms.iums.ac.ir/browse.php?a_id=189&sid=1&s...

Abstract

به منظور بررسی تمايل اسيدهای آمينه مجاور(دوتايی) در ساختمانهای دوم از نوع مارپيچ آلفا، مکانهای مورد مطالعه در مارپيچ آلفا بدين شکل انتخاب شدند: C’، Ccap، C1، C2، C3، C4، M، N4، N3، N2، N1، Ncap، N’. در اين مکانها توالی‌های دوتايی مورد بررسی عبارت بودند از: M1M2، N3N4، N2N3، N1N2، Ncap N1، N’Ncap، CcapC’، C1Ccap، C2C1، C3C2، C4C3. M2M3. ترجيح قرار گرفتن هر اسيد آمينه در هر جايگاه مارپيچ آلفا و ترجيح قرار گرفتن 400 توالی دوتايی در جايگاههای دوتايی مختلف مارپيچ آلفا محاسبه و مقايسه شد. بدين منظور يک بانک اطلاعاتی از مارپيچ آلفا با 3705 مارپيچ طراحی شد و مورد استفاده قرار گرفت. در اين بانک مارپيچها حداقل دارای 7 اسيد آمينه بوده و از مجموعه 696 پروتئين با تشابه کمتر از 25% تشکيل شده بودند. Single Local Propensity(SLP) برای همه 20 اسيد آمينه در جايگاههای مختلف مارپيچ آلفا محاسبه گرديد. علاوه بر اين Observed Doublet Local Propensity(DLPo) که براساس تکرار اسيدهای آمينه دوتايی استوار است و Expected Doublet Local Propensity(DLPe) که بطور مستقيم از روی SLP اندازه‌گيری می شود نيز محاسبه شد. هر گاه ترجيح قرار گرفتن يک جفت اسيد آمينه معين در جايگاه دوتايی خاص از مارپيچ آلفا DLPo بيش از ترجيح محاسبه شده توسط حاصل ضرب جايگاههای تکی در مارپيچ آلفا DLPe باشد يا به عبارت ديگر در صورتی که DLPo>>DLPe باشد، اين مسئله تمايل 2 اسيد آمينه خاص را در مجاورت با يکديگر در آن جايگاه از مارپيچ آلفا نشان می‌دهد. نتايج حاصل نشان داد که تواليهای دوتايی که در آنها DLPo>>DLPe می‌باشد عبارتند از: Met-Thr در مکان N’Ncap، Glu-Pro در مکان NcapN1، Pro-Arg در مکان N1N2، Lys-His در مکان C2C1، Thr-Gly در مکان C1Ccap و در نهايت Gln-Pro در مکان CcapC’. علاوه بر اين، اسيد آمينه Gly در مکان Ccap با تمايل زيادی همراه اسيد آمينه‌های هيدروفوب در مکان C’ مشاهده می‌شود. بررسی تمايل مجاورت اسيدهای آمينه در مارپيچهای آلفا، می‌تواند در طراحی مارپيچهای آلفای جديد موجود در پروتئينها و ايجاد تغييرات مورد نظر در مارپيچهای آلفا مورد استفاده قرار گيرد.

Item Type: Article
Uncontrolled Keywords: ساختمان دوم،انتهای آمينی، انتهای کربوکسيليک،آناليز تواليها، بيوانفورماتيک،
Subjects: R Medicine > R Medicine (General)
Divisions: Other Journals > Razi Journal of Medical Sciences
Depositing User: Touba Derakhshande
Date Deposited: 11 Jan 2015 04:11
Last Modified: 11 Jan 2015 04:11
URI: http://eprints.bpums.ac.ir/id/eprint/2540

Actions (login required)

View Item View Item