استخراج الگوی پروتئينی از داده‌طيف‌جرمی‌ليزری جهت تشخيص سرطان پستان با استفاده از الگوريتم داده‌کاوی

منتظری‌کردی, حسين and ميران‌بيگی, محمدحسين and مرادی, محمدحسن and نجفی, معصومه (2008) استخراج الگوی پروتئينی از داده‌طيف‌جرمی‌ليزری جهت تشخيص سرطان پستان با استفاده از الگوريتم داده‌کاوی. فصلنامه علمی پژوهشی لیزر در پزشکی, 5 (1). pp. 16-25. ISSN 3319-1735

Full text not available from this repository.

Abstract

چکيده مقاله: زمينه و هدف: يکی از مشکلات اساسی در درمان بيماری سرطان، عدم وجود روشی مناسب در تشخيص زودرس آن مي‏باشد. سرطان پستان يکی از بيماری‌های شايع در بين زنان می‌باشد که تشخيص در مراحل اوليه می‌تواند تأثير بسزايی در ميزان مرگ و مير زنان داشته ‌باشد. در حال حاضر، نشانگرهای تومور مناسب برای تشخيص زودرس اين بيماری وجود ندارد. واکنش‌های شيميايی درون يک عضو زنده مي‏تواند بصورت الگوهايی پروتئينی در مايعاتی نظير خون، خلط و ادرار انعکاس داده شود. طيف‌سنج ‌جرمی جذب- يونيزاسيون ليزری سطحی ارتقاء يافته زمان پروازی يک ابزار مناسب جهت تهيه پروفايل‌های پروتئينی از نمونه‌های بيولوژيک می‌باشد. ارايه يک روش داده‌کاوی جهت انتخاب نشانگرهای ‌حياتی تفکيک‌ کننده گروه‌های سالم از سرطانی، جزء چالش‌های مهم در تحليل الگوهای پروتئينی محسوب می‌شود. روش بررسی: در اين تحقيق، داده‌های پروفايل پروتئينی خونابه بيماران مبتلا به سرطان پستان مورد تحليل قرارگرفت. با ارايه يک مدل رياضی و استفاده از تبديل موجک گسسته، اغتشاشات خط ‌زمينه و نويز الکتريکی در مرحله پيش‌پردازش حذف گرديد و سپس، تمام سيگنال‌های طيف‌ جرمی نرماليزه شدند. در اين مقاله، يک الگوريتم داده‌ کاوی ترکيبی مبتنی بر سه معيار آزمون آماری، اندازه تفکيک‌پذيری کلاس و امتيازدهی نقاط، معرفی شده ‌است. با روش پيشنهاد شده، بهترين زيرمجموعه پروتئين‌ها از بين 13488 نقطه موجود با حفظ ارزش اطلاعاتی و قدرت تفکيک‌پذيری انتخاب شد و برای تعيين نشانگرهای‌ حياتی استفاده گرديد. با استفاده از روش ارزيابی متقابل K چرخشی، نمونه‌های موجود در مجموعه ‌داده به دو دسته يادگيری و آزمون، بطور تصادفی تقسيم شدند. حداقل آستانه برای آمارگان T مقدار 96/1 انتخاب شد. الگوريتم داده‌کاوی به نقاط باقيمانده از مرحله آستانه‌دهی اعمال شد و بهترين زيرمجموعه‌ ويژگی‌ها شامل نشانگرهای‌ حياتی با قدرت تمايز بالا انتخاب گرديد. يافته ها: با استفاده از روش تحليل تمايز خطی، تعداد 19 پروتئين بعنوان نشانگر حياتی برگزيده شد که توانست نمونه‌های سالم و سرطانی را با دقت تشخيص 100%، حساسيت 100% و قطعيت 100% از هم تميز دهد. بحث و نتيجه‌گيری: با توليد اطلاعات کامل از نمونه‌های بيولوژيک می‌توان از آنها در تشخيص بيماری‌های با عوامل تشخيصی ضعيف نظير سرطان استفاده نمود. تشخيص بيماری نمونه‌ای از تفکيک الگو می‌باشد. در اين مقاله، يک الگوريتم داده‌ کاوی جهت انتخاب بهترين زيرمجموعه از پروتئين‌ها معرفی گرديد. روش پيشنهادی نشان داد که با کاهش تعداد نشانگرهای ‌حياتی منتخب، که از مزيت‌های اين روش می‌باشد، قدرت تفکيک‌پذيری از سطح مناسبی برخوردار است. نتايج بدست آمده تأکيد دارد که انتخاب مناسب زيرمجموعه پروتئين‌های شاخص تأثير بسزايی در تعيين نشانگرهای ‌حياتی جهت تشخيص صحيح بيماری دارد.

Item Type:	Article
Uncontrolled Keywords:	سرطان پستان، پروتيين‌شناسی، طيف‌جرم، الگوريتم داده‌کاوی، نشانگرحياتی، تشخيص الگ،
Subjects:	R Medicine > RZ Other systems of medicine
Divisions:	Other Journal > Official Journal of Iranian Center for Medical Laser (ICML)
Depositing User:	سمیه باغبانی
Date Deposited:	30 Nov 2015 08:14
Last Modified:	30 Nov 2015 08:14
URI:	http://eprints.bpums.ac.ir/id/eprint/4394

Actions (login required)

View Item